История Архива РАН  восходит к начальной истории самой Академии наук, учрежденной Указом Петра I от 28 января 1724 г. В соответствии с «Генеральным регламентом» Петра Великого все государственные учреждения обязаны были позаботиться о хранении «бумаг».

Академический архив был основан 6 января (17 января) 1728 г. по указу царя Петра II Алексеевича как хранилище документов Конференции (Общего собрания) и Канцелярии Конференции АН. Распоряжением первого президента Санкт-Петербургской академии наук, лейб-медика Лаврентия Блюментроста, «к архиве» был приставлен студент академической гимназии Г.Ф. Миллер (Мюллер) – будущий ученый, академик и знаток истории Сибири.

Одновременно с Архивом Конференции в Академии наук в 1725 - 1766 гг. существовал еще и Архив Канцелярии (в 1766 - 1803 гг. — Комиссии). В XVIII веке Канцелярия являлась исполнительным органом Академии наук и выполняла административно-хозяйственные, финансовые и научно-организационные функции. Академия наук придавала большое значение своему архиву. По первому академическому Уставу (1747) руководство им было обязанностью конференц-секретаря Академии. После введения Устава Академии наук 1803 г. в ней продолжал функционировать Архив Конференции, но теперь одной из его главных целей было хранить делопроизводство образованной Канцелярии Конференции. И потому его часто называли «Архив Канцелярии Конференции».

С 1 июля 1912 г., при введении в действие новых штатов Академии наук, была учреждена особая должность заведующего Архивом Конференции. На эту должность был назначен известный историк русской литературы Б.Л. Модзалевский.

В 1922 г. был создан единый Архив Российской академии наук (с 1925 – Архив АН СССР), в задачу которого входило хранить «научную и деловую» документацию академических учреждений и собирать личные архивы ученых – членов Академии.

17 февраля 1925 г. Постановлением СНК РСФСР Архив был признан научным учреждением. После постановления ЦИК и СНК СССР от 27 июля 1925 г. о преобразовании Российской Академии наук во Всесоюзную, Архив отразил организационную перестройку Академии, и стал именоваться Архивом Академии наук СССР. В 1926 г. Президиум АН СССР принял решение о хранении рукописей и архивов академиков в Архиве Академии наук. Это постановление наметило основы профиля архива, характерной особенностью которого является хранение не только служебной, официальной документации, но и личных фондов членов Академии наук.

С 1 октября 1929 г. по инициативе Секции научных работников заведующим Архивом был назначен Георгий Алексеевич Князев (1887-1969), который руководил академическим архивом с 1929 по 1963 гг.

В 1929 г. при Президиуме АН СССР под председательством академика А. Н. Самойлова начала работать Комиссия по распределению архивных материалов. По существовавшему до этого порядку в Архив АН СССР поступали документы только центральных органов Академии, а все ее научные учреждения оставляли откладывавшуюся в результате их деятельности документацию у себя, хотя и не имели собственных архивов. Проведенная комиссией работа фактически определила сеть архивных учреждений Академии наук СССР. Организационные принципы, на основе которых эта сеть функционировала, были закреплены в двух документах, принятых 29 ноября 1930 г. Общим собранием Академии наук СССР: «Положение об Архиве Академии наук СССР» и «Положение об архивохранилищах Академии наук СССР». По первому Положению Архив Академии наук становился центральным хранилищем всех академических архивных материалов, состоя на учете Ленинградского отделения Центрархива. «Положение об Архиве Академии наук СССР» четко сформулировало задачи Архива: это концентрация, хранение, научно-техническая обработка, использование архивных документов в научных и практических целях, улучшение справочного аппарата, обследование и оказание методической помощи учреждениям Академии. После реформы архивного дела в АН СССР, последовавшей сразу за «академическим делом» (1929-1931), в Архив поступило значительное число документальных материалов членов Академии наук и других выдающихся ученых из Рукописного отдела БАН и ряда научно-исследовательских учреждений, большинство которых ранее было лишено права постоянного хранения документов.

Здание Президиума АН СССР в Ленинграде

Здание Президиума АН СССР в Москве

25 апреля 1934 г. было издано постановление СНК СССР «О переводе Академии наук в Москву», устанавливающее срок «великого переселения» - 1 июля 1934 г. Под предлогом большей связи деятельности академических учреждений с запросами правительственных учреждений и промышленности были переведены в столицу учреждения, работавшие в области физико-математических, технических, геолого-географических, химических и биологических наук. В Ленинграде остались учреждения, занимавшиеся в области общественных наук, музеи, Библиотека и Архив. 27 августа 1935 г. состоялось первое решение Президиума АН СССР о том, что в Москве также должен находиться академический Архив. Решение Президиума АН СССР было подтверждено 25 сентября 1935 г.

27 апреля 1936 г. Московское отделение Архива (МОА) получило подвальное помещение в здании Президиума АН СССР (Ленинский пр-т, 14) и 29 апреля 1936 г. приступило к работе. Заведующим МОА был назначен Филипп Дмитриевич Гетман (1897-1992?), который с 1936 по 1956 г. занимал пост заведующего Московским отделением Архива АН СССР.

Следующий важный этап в истории Архива Академии наук был связан с постановлением Бюро Президиума АН СССР № 639 от 10 августа 1962 г. «Об обеспечении сохранности, состоянии и использовании документальных материалов в учреждениях Академии наук СССР», которое обосновало необходимость наличия центрального учреждения академического архива в Москве. В 1963 г. дирекция Архива АН СССР была переведена в Москву и ленинградская часть архива была преобразована в отделение.

Директором Архива АН СССР (в Москве) был назначен историк науки и архивист Борис Венедиктович Левшин, который исполнял эту должность в течение 40 лет (с 1963 г. по 2003 г.; в 1956-1963 гг. – И.О. директора Архива).

В связи с изменениями политической и социально-экономической обстановки, распадом СССР и образованием Российской Федерации, Академия наук в 1991 г. обрела новый статус и вновь стала именоваться Российской Академией наук. Соответственно, Архив стал называться — Архив Российской академии наук (Архив РАН). Отделение академического архива в Санкт-Петербурге получило статус филиала, несколько ранее (в 1987) в его состав вошла общеакадемическая Лаборатория консервации и реставрации документов (ЛАКОРЕД).

По Постановлению Президиума РАН от 18 февраля 1992 г. Архив РАН провел комплекс мероприятий, связанных с реорганизацией. Основными направлениями деятельности Архива РАН являются создание и обеспечение сохранности Архивного фонда РАН; обеспечение ретроспективной информацией по документам Архивного фонда РАН; научная разработка проблем истории науки и Академии наук, архивоведения, археографии и источниковедения по документам, образующимся в процессе деятельности Российской академии наук и ее учреждений, консервации и реставрации документов. В Архив РАН входят Санкт-Петербургский филиал (СПФ АРАН) и Отдел страхового документального фонда (пос. Борок Ярославской обл.).

В июле 2003 г. директором Архива РАН был избран к.и.н. Афиани Виталий Юрьевич.

На основании постановления Правительства Российской Федерации от 19 ноября 2007 г. № 785 Президиум Российской академии наук издал Постановление «О переименовании организаций, подведомственных Российской академии наук» № 274 от 18.12.2007 года. Этим Постановлением принято наименование Архива: Учреждение Российской академии наук Архив РАН.

С января 2012 г. Архив стал именоваться - Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Архив Российской академии наук (Москва).